近日,基于全場景AI框架昇思MindSpore開發的蛋白質結構預測模型在全球持續蛋白質結構預測競賽CAMEO(ContinousAutomated Model EvaluatiOn)上連續三周霸榜,并包攬月榜前二,顯示出昇騰AI基礎軟硬件平臺在AIfor Science領域的強大能力。
4月21日最新月榜競賽結果
超越AlphaFold2,連續保持全球第一排名!
由瑞士生物信息研究所和巴塞爾大學聯合舉辦的CAMEO(ContinousAutomated Model EvaluatiOn)——全球持續蛋白質結構預測競賽,被認為是蛋白質結構預測領域最重要的比賽之一。
CAMEO競賽的規則是,每位參賽者需每周對20個由世界范圍內的結構生物學家最新破解出的蛋白質結構進行預測,其分數和名次每周都會進行在線更新。
因此,該競賽吸引來不少世界范圍內生物計算領域的前沿模型“選手”。基于昇思MindSporeAI框架訓練的蛋白質結構預測模型,一經亮相,便領跑全球。在最近的三周CAMEO競賽中持續排名第一,意味著昇騰AI基礎軟硬件平臺在AIfor Science領域的強大能力。
昇思MindSpore蛋白質結構預測模型研發進展
2021年11月,昇思MindSpore團隊與昌平實驗室、北京大學生物醫學前沿創新中心(BIOPIC)和化學與分子工程學院、深圳灣實驗室高毅勤教授課題組聯合推出基于AlphaFold2算法的蛋白質結構預測推理工具,并在2022年2月實現訓練的全流程打通,效率同比提升2-3倍。
采用昇騰AI基礎軟硬件平臺后,在混合精度下,單步迭代時間由20秒縮短到12秒,性能提升超過60%。依托昇思MindSpore內存復用能力,訓練序列長度由384提升至512。
在訓練精度接近AlphaFold2的基礎上,昇思MindSpore在算法、規模和軟硬件支持等方向上持續改進,本次發布的蛋白質結構預測模型成績持續刷新業界記錄、拿下CAMEO競賽第一,毫無疑問是昇思MindSpore在蛋白質結構預測領域的又一里程碑,在填補AI根技術在蛋白質結構預測領域成績空白的同時,更加證明了其價值與優越性。
未來,針對蛋白質結構預測問題,昇思MindSpore將攜手學術科研界更多合作伙伴,在蛋白質結構預測領域共同探索、持續突破,助力國內相關基礎研究,尤其是生命各分支學科的進步,推動創新制藥行業的發展。
蛋白質折疊代碼倉路徑https://gitee.com/mindspore/mindscience/tree/master/MindSPONGE/mindsponge/fold。
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